エラーの発生するモジュールはもちろん存在するし、同じモジュールを参照する他のアーカイブは構築に成功する。
cgiの負荷制限の可能性もあると思い、EntriesPerRebuild 40 （cgiが一度に処理するエントリ数）を 5 にまで減らしてみた（再構築ステップ数が増えて時間がかかるようになる弊害がある）が変化無し。
エラーの発生に規則性が見えないことや、存在するのに存在しないと言い張っているあたり、何か根本的な不具合の予感がしたので、こちらの方の事例を参考に（コンテンツ自体は結構前＆このエントリでは解決してない）、データベースをバークレーからロリポップに標準で付いてくるMySQLに変更してみた（ロリポでのMySQLの高速性・安定性は過去に経験済みだったので）。

変更内容

１．ロリポップ側でMySQLデータベースの利用準備作業をする（データベースは空でOK)

２．mt-config.cgi のMySQL関連設定を有効化して、ホスト名・データベース名・認証情報をセット（バークレーの設定はそのまま）

３．ブラウザで mt-db2sql.cgi をキック。処理が流れて画面最下部に結果が表示される。

４．３が成功したら、ロリポップのphpMyAdminで作成されたテーブルをチェック、正常にエントリやコメントが取り込まれているか確認する（phpMyAdminの文字コードをUTF-8に変更していないと文字化けして表示されるので注意）

５．mt-config.cgiのバークレー関連設定を無効化。

注：SafeMode の設定は変更しない方がいいかも（同項目の説明書き参照）

ちなみに、この問題が発生したのはエントリ数が大体20を越えたあたり。少し前から過去のエントリの再構築に失敗する問題が発生していた。エントリの新規追加は問題無いため、再構築を行わずに記事を書き続けていたら気付かなかったかも知れない。
先に示したリンク先のエントリの方も20ちょいくらいのエントリで問題に突き当たっていらっしゃる模様なので、ロリポサーバ＆MT3.2＆バークレーの組み合わせでは、この辺が限界なのかも。同じ環境の方は、早めにMySQLへの乗り換えを推奨しておきたい（MySQLの設定なんて、慣れれば１分以内で完了する手軽さなんだし、無料なんだしｗ）。